那就拿这篇最近的，便宜点的Eur Rev Med Pharmacol Sci（IF：3.784）分的文章来给你们讲讲，靶基因要怎么找转录因子……

这篇文章主要内容就是生信分析，其中对于转录因子的预测用了一种叫PASTAA的算法……为啥是算法呢？其实没有一个工具叫PASTAA，我查了一下发在Bioinformatics（IF：6.931）上的文章，差不多就是一种算法：

差不多就是一种共表达和启动子结合比对的交集……

于是我翻了一下PASTAA算法中重要的工具……TRAP：

这个是用来测试转录因子和启动子间亲和力的，随便输入一个启动子序列：

就可以预测对应启动子了，出来的是列表：

单击列表上的转录因子，就能显示具体的结合位置了：

以及结合的具体序列……

第二个功能叫意大利面……是用来分析一系列基因的对应转录因子的，就只需要输入基因名就行了：

结果是你输入基因所对应的转录因子列表：

随便打开一个，显示的就是三个基因对应的转录因子的交集……

最有意思的一个功能叫SNP和转录因子……

也就是分析单个碱基变化和转录因子亲和力之间的差异，输入相对应的野生型和突变型序列后，就能分析出两者结合上去转录因子能力的差异了：